De Waddenacademie fungeert als kennisregisseur voor het Waddengebied en richt zich op diverse thema's, waaronder ruimtelijke ordening en watermanagement, die relevant zijn voor de bouwsector in dit specifieke gebied. Ze publiceren onderzoek en scripties die ingaan op onderwerpen zoals bouwen met het waddenecosysteem, innovatieve dijkconcepten en de impact van klimaatverandering op de waterhuishouding in relatie tot infrastructuur. De informatie is gericht op professionals, overheden en kennisinstellingen die betrokken zijn bij de duurzame ontwikkeling en beheer van het Waddengebied.